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Interpretazioni
Nonostante il regista abbia dichiarato che il film si presta a più livelli di lettura e quindi a numerose interpretazioni, molti di coloro che hanno visto il film hanno tentato di fornire un'interpretazione univoca degli eventi mostrati. È necessario precisare che la produzione non ha mai confermato ne' smentito ufficialmente queste interpretazioni.
Secondo alcuni, alla fine del film Donnie stesso si dirige nel wormhole che risucchia il reattore, allo scopo di morire nel passato e scongiurare gli eventi che avrebbero portato alla morte di Gretchen, nonché della madre e della sorella sull'aereo[2].
Basandosi invece sullo pseudobiblium La filosofia dei viaggi nel tempo, più volte citato nel film, altri arrivano alla conclusione che l'intero film tranne la conclusione si svolga in un universo tangente, sorta di dimensione parallela del multiverso. Frank, ucciso nell'universo tangente, ha il potere di ritornare indietro nel tempo, che non avrebbe se fosse stato ucciso nell'universo reale. Il suo scopo è quello di fornire una spiegazione per il reattore che compare sulla casa di Donnie, e che in questo modo "disturba" il continuum dello spazio-tempo e crea un paradosso che rischia di distruggere l'universo stesso. Gli atti dei personaggi in seguito sono tutti inconsapevolmente diretti a dare un senso al paradosso, portando infine Donnie a creare lui stesso il wormhole che risucchia il motore dell'aereo e lo porta nell'universo reale, dove Donnie viene ucciso. La morte di Gretchen, così come quella della madre e della sorella di Donnie, sono quindi ininfluenti, perché non hanno alcun effetto sull'universo reale. Quelli che hanno interagito con Donnie nell'universo tangente tuttavia, conservano una lieve consapevolezza degli eventi in esso accaduti[3][4]. Altri fan propendono per interpretazioni di tipo filosofico-esoterico[5].
Un'altra importantissima interpretazione è quella in cui il regista paragona gli uomini a dei conigli, e Donnie Darko a una specie di super eroe o un messia mandato per purificarli. Donnie nel dialogo con la professoressa Karen Pomeroy (Drew Barrymore), fa capire chiaramente che lui non può provare dispiacere per l'estinzione della specie dei conigli (l'uomo); seguita subito dopo dall'ipotesi di Gretchen Ross (Jena Malone) che lo esorta ad avere più comprensione per loro perché i conigli sono frutto dell'immaginazione dell'autore (Dio). L'affermazione della professoressa Karen Pomeroy sull'intervento esterno, il "deus ex machina" che salva i conigli detto con voce tremolante è la scena chiave del film. Infatti è lei stessa l'intervento esterno quando scrive la parola "cellardoor", la porta della cantina, la cantina di Nonna Morte dove Donnie viene aggredito e Gretchen viene investita e muore. Così facendo spinge Donnie a sacrificarsi e scongiurare tutti gli eventi sfavorevoli ai personaggi (conigli) che avevano fatto parte dell'universo tangente.